雲海に浮かぶ異世界「エガミ」の小さな島に暮らす少女・ラムカ。
ある日突然、彼女は何者かに追われ崖から転落した。意識が戻ると魚と船が融合した生き物の上に。そして目の前に現れたのは、顔は動物、身体は人間の姿をした動物の記憶を持った「零族」と言われる者たちだった。ラムカは彼らとともに、すべての記憶があるという「記憶の森」を目指し旅に出る。

一方、現実世界「モンド」に住む少年・カイユは、『雲海のエガミ』という不思議な小説を読み進めていくうちに、夢の中での出来事と小説の内容が繋がっていることに気が付くのだった。
交わるはずのない二つの世界の住人が出会うとき、世界は崩壊に向かって加速していく。
果たして、ラムカとカイユを待ち受ける結末とは――。